El tratamiento de la obesidad debe ser idealmente realizado por un médico nutriólogo -es decir, un médico cirujano especialista en nutrición clínica-, que debe realizar un diagnóstico exacto del grado y tipo de obesidad, incluyendo una anamnesis (examen clínico que reúne todos los datos personales, hereditarios y familiares del paciente), un examen físico y las evaluaciones de laboratorio que sean pertinentes.
Se deben identificar además las comorbilidades asociadas (enfermedades relacionadas con el exceso de peso) o factores de riesgo de importancia, así como los factores alimentarios, metabólicos, psicológicos y de actividad física de cada individuo, con el fin de poder establecer una conducta de tratamiento, que siempre debe ser individualizada. Generalmente es necesario realizar un trabajo en equipo, es decir, si es necesario se puede contar con la asesoría de un psicólogo, un kinesiólogo u otra especialista médico, como un cardiólogo o un endocrino.
El tratamiento tiene dos etapas con objetivos claros: bajar de peso adecuadamente, y conseguir mantener el peso logrado -y definido como saludable-. La velocidad de baja de peso y las metas deben ser individuales, estimándose una baja semanal de entre 500 a 1200 gramos, e intentando bajar al menos entre un 5% a un 10% del peso inicial en un tiempo promedio de 3 a 4 meses.